Paddington melakukan perjalanan ke Peru untuk mengunjungi bibinya yang tercinta, Lucy, yang sekarang tinggal di rumah untuk pensiunan beruang. Dengan keluarga cokelat di belakangnya, petualangan yang mendebarkan terjadi ketika sebuah misteri menjerumuskan mereka ke dalam perjalanan yang tidak terduga melalui hutan hujan Amazon dan hingga puncak gunung Peru.