Alex, Marty, dan hewan kebun binatang lainnya menemukan cara untuk melarikan diri dari Madagaskar ketika penguin menyusun kembali pesawat yang hancur. Kerajinan yang diperbaiki secara genting tetap di udara cukup lama untuk sampai ke benua Afrika. Di sana para warga New York bertemu dengan anggota spesies mereka sendiri untuk pertama kalinya. Afrika terbukti menjadi tempat yang liar, tetapi Alex dan perusahaan bertanya -tanya apakah itu lebih baik daripada rumah Central Park mereka.