Saat perang dunia kedua berkecamuk, Mahito remaja, yang dihantui oleh kematian tragis ibunya, dipindahkan dari Tokyo ke rumah pedesaan yang tenang milik ibu tirinya, Natsuko, seorang wanita yang sangat mirip dengan ibu anak laki-laki tersebut. Saat ia mencoba menyesuaikan diri, dunia baru yang aneh ini menjadi semakin aneh setelah kemunculan seekor bangau abu-abu yang gigih, yang membingungkan dan mengganggu Mahito, menjulukinya sebagai “yang telah lama ditunggu-tunggu.”