Keluarga Batman telah kembali ke masa kini untuk mengetahui bahwa Jepang telah menghilang, dan sebuah pulau raksasa – Hinomoto – sekarang berada di langit di atas Kota Gotham. Di atas duduk Yakuza, sekelompok orang yang sangat kuat yang memerintah tanpa kehormatan atau kemanusiaan dan terlihat mencurigakan seperti Justice League. Sekarang, terserah Batman dan sekutunya untuk menyelamatkan Gotham!