Sonic, Knuckles, dan Tails bersatu kembali melawan musuh baru yang kuat, Shadow, penjahat misterius dengan kekuatan yang tidak seperti apa pun yang pernah mereka hadapi sebelumnya. Dengan kemampuan mereka yang tak tertandingi dalam segala hal, tim Sonic harus mencari aliansi yang tidak mungkin dengan harapan dapat menghentikan Shadow dan melindungi planet ini.