Setelah bertahun-tahun terlindung dari dunia manusia, saudara-saudara penyu bertekad untuk memenangkan hati penduduk New York dan diterima sebagai remaja normal melalui tindakan heroik. Teman baru mereka April O’neil membantu mereka menghadapi sindikat kejahatan misterius, namun mereka segera menjadi gila ketika sepasukan mutan dilepaskan ke arah mereka.