Setelah supervillain shredder lolos dari tahanan, dia bergabung dengan ilmuwan gila baxter stockman dan dua antek tolol, bebop dan rocksteady, untuk meluncurkan rencana jahat untuk mengambil alih dunia. saat kura-kura bersiap untuk menghadapi shredder dan kru barunya, mereka menemukan diri mereka menghadapi kejahatan yang lebih besar dengan niat yang sama: krang yang terkenal kejam.